Una Real Cédula de los Reyes Católicos obligaba a que las iglesias mezquitas conquistadas a los sarracenos , se dedicasen a la advocación de la Encarnación, aunque también pudieran escogerse otros titulares, como Santiago, San Miguel, o Juan el Bautista en Almería. Lo más importante para los castellanos establecidos en Melilla desde 1497 era reedificar las defensas y los edificios para la guarnición, almacenes de provisiones y municiones. Es más que probable que la planta de la antigua mezquita fuese adaptada al culto de Cristo, y se le otorgase el nombre de San Miguel. No había tiempo para más. Su orientación era sobre el eje este -oeste, obligatorio en las mezquitas. La actual iglesia patronal está en el eje norte-sur. Los restos de San Miguel, si es que aparecen, estarán en dirección distinta a la de la planta de la iglesia. No va a cambiar ninguna fecha en cuanto a la historia del templo histórico de Melilla.
Si hubo una época destructiva y funesta para la historia de Melilla fue la franquista, época en la que se edificó la mentira histórica que asfixia cualquier investigación que se pretenda científica. En esta época se alteró toda la historia, barriendo y eliminando todo lo que no les interesaba. Las sospechas sobre la iglesia de la Purísima Concepción se dirigen hacia las criptas y bóvedas que se construyeron a la vez que el templo, y que serían accesibles en sus inicios. En ellas se enterraban a los personajes notables de la ciudad, a sus hombres y mujeres más representativos, a los religiosos, a los alcaldes, a los gobernadores y sus esposas. Solo hay dos opciones, que los alcaldes franquistas eliminasen los restos históricos de las criptas y los llevasen en secreto a los osarios, o que todavía permanezcan allí sepultados, en cuyo caso, la solución es la misma. Levantar la solería de la Iglesia, que data de finales del siglo XIX (1885), como mucho y buscar la historia real que yace allí sepultada.
Serán necesarios al menos dos años para ese fin. Se hace necesario e imprescindible dejar el histórico templo en las mejores condiciones posibles. Como puede comprobarse en las fotografías, está hecho con materiales muy pobres y fácilmente deleznables frente a la adversa climatología del promontorio fundacional. Aquí no hay granito como el de la Sierra de Guadarrama que cobija al Generalísimo. Ladrillo, piedra de cantería y materiales reutilizados de lo que encontrase los españoles en el final del siglo XV.
No volveremos a ver la iglesia que fue, pocos la verán en el estado actual. Lo que nos devolverán en 2018 será un templo con una imagen nueva, más acorde con su historia real. La verdad histórica está bajo ese suelo, que se hace necesario abrir. En las obras de 1991/1996 hubo pocos testigos y relatos de lo que allí se hizo. Ahora la verdad nos pertenece a todos.